La voie maritime véhicule la quasi-totalité du trafic commercial au Nigéria, partagé entre 2/3 à l’import et 1/3 à l’export. Avec les ports d’Apapa et de Tin Can Island Lagos capte la moitié du commerce portuaire, mais fait face à un réel problème de congestion qui entraine un déversement vers les pays voisins, comme le Bénin et le Togo. En réponse à ce blocage, plusieurs projets de ports en eau profonde et de zones franches portuaires sont actuellement en cours, la plupart concentrés dans le sud-est du pays. Les entreprises françaises, CMA CGM et Bolloré Africa Logistics, tiennent une place stratégique dans le secteur avec l’acquisition en 2014 par la première de 25% du terminal à conteneurs du port de Lekki et l’obtention par la seconde en 2006 de la concession du terminal à conteneurs du port de Tincan pour vingt ans.