La Mission est placée sous l’autorité conjointe du ministre de l’économie et du ministre chargé du logement. Elle est chargée de contrôles et d’évaluations auprès des organismes intervenant dans le secteur du logement social, y compris les sociétés d’économie mixte. Elle peut aussi être chargée, par les ministres dont elle relève, d’enquêtes, d’études, d’audits ou d’évaluations dans ce même domaine. L’objet du contrôle est de vérifier l’emploi conforme à leur objet des subventions, prêts ou avantages consentis par l’État et le respect par les organismes contrôlés des dispositions législatives et réglementaires qui régissent leur mission de construction et de gestion du logement social. L’administration peut également procéder à une évaluation d’ensemble de l’activité consacrée à cette mission, dans ses aspects administratifs, techniques, sociaux, comptables et financiers. La Miilos contrôle l’application des conventions donnant notamment droit à l’aide personnalisée au logement.